Le conseil d’administration de l’ARPEJH nomme le Directeur dont les attributions sont définies et votées en conseil d’administration et précisées dans un « Document unique de délégations ». L’organisation de l’établissement se coordonne autour de différents services :

Afin de conjuguer anticipation, épanouissement professionnel et de favoriser les innovations, les personnels sont sollicités pour s’engager sur une dynamique de formation permettant une plus-value individuelle et institutionnelle.

L’organisation, le contenu et la gestion du travail doivent donc occuper une place importante au sein de l’ARPEJH. Comme le préconise le réseau ANACT, les modalités d’organisation et de management ont besoin d’être questionnées, tout particulièrement les possibilités d’autonomie et de coopération. Pour maintenir une dynamique individuelle, les compétences mobilisées et développées par les salariés doivent trouver des formes de reconnaissance dans l’association. Enfin, pour créer la dynamique collective nécessaire, la participation des différents acteurs (direction, encadrement, salariés et leurs représentants) et la concertation sont requises.